Гимназија Бора Станковић основана је 1. септембра 1969. године одлуком Скупштине општине, донетој на заједничкој седници Општинског већа и Већа друштвених делатности. Гимназија је у свом саставу имала 26 одељења, четрдесетак наставника и око 900 ученика. Гимназија Бора Станковић, као трећа нишка Гимназија, има релативно кратак али позитивно – стваралачки век постојања. Формирана поделом Прве нишке гимназије, она је настала као резултат нараслих потреба у области образовања на средњем ступњу и као израз жеље да се пређе на нове, повољније и образовним потребама адекватније услове. Овакво решење би Гимназијама Бора Станковић и Стеван Сремац, школама смештеним под истим кровом, омогућило успешнију реализацију наставних садржаја, већу ефикасност васпитних напора, непосредније контакте њихових васпитача и васпитаника, повољније одвијање наставних и ваннаставних активности…
У скромним материјалним и просторним условима, школа је почела са радом верујући да васпитање и образовање имају смисла само као снаге које руше границе и стварају путеве зближавања научне мисли, ангажују способности младих и уче их размишљању, креирању и решавању проблема. Школску зграду у Улици Вождовој 27, површине 3874 m2 користе Гимназије Стеван Сремац и Бора Станковић. Просторна оптерећеност (дневно кроз школу прође 1600 ђака) отежава рад. Школа Бора Станковић у својој смени користи 24 учионице, од којих су четири мањег капацитета и не задовољавају норматив коришћења простора. Заједнички се користе кабинети за физику, хемију и биологију и фискултурна сала. Издвојен је кабинет за информатику и рачунарство и библиотека са преко 10 хиљада књига. Редовна настава, системски организована и високо стручни кадрови, била је основни облик кроз који су се циљеви и садржаји наставних области са успехом спроводили и остваривали. Захваљујући савесности и одговорности професора, њиховој наставној и педагошкој стручности, њиховом залагању, школа је из године у годину стицала завидан углед и реноме.
Од 1. септембра 1969. године директор школе био је Новица Живковић, професор српског језика, педагог и васпитач, публициста и преводилац. Пензионисан је 29. 7. 1977. године. Од 1. августа 1977. године функцију директора обавља Олга Медојевић, професор књижевности и српског језика, пензионисана је и на њено место 11. новембра 2002. године долази Љиљана Златановић, професор математике након чијег пензионисања, 1. јуна 2019. године, место директора школе преузима садашњи директор Ненад Стефановић, професор математике.
Гимназија, као тип школе и поред својих позитивних својстава – уходаних наставних и организационих форми, стабилних наставних програма, високо стручних кадрова, традицијом и резултатима стечене популарности, пружањем знања из општег образовања, од 1978. године прерасла је у усмерену школу и дозивела крупне реформске захвате. Гимназија Бора Станковић уписала је те 1978/79. године одељења математичко-техничке, графичке и геолошке струке. Деликтан задатак увођења нових наставних програма, школа је успешно решила ангажујући за наставу високо стручни кадар са факултета и из привреде. Од школске 1981/82. године Гимназија Бора Станковић уписује само математичко-техничку струку која постаје и њено опредељење. Програми математичко-техничке струке били су амбициозни и давали су солидну основу ученицима за даље образовање, а школа стиче имиџ математичке школе.
Од школске 1987/88. године Гимназија постаје природно-математичка школа. Срећна је околност што се кроз реформу образовања није много удаљавала од гимназијских програма. Захваљујући тој чињеници на конкурсе за упис у први разред јављали су се најбољи ученици по успеху и склоностима ка истраживању и иновирању. Они су међу најбољим студентима на техничким факултетима и факултетима природних наука. Са таквом основом закорачили смо поново у гимназијски концепт образовања од школске 1990/1991. године. Школа има 24 одељења и 790 ученика. Определили смо се за природно-математички и друштвено-језички смер. И даље је школа селективна по избору ученика, а интересовање за упис је велико. Од укупног броја који се пријави за упис у први разред, 80% су носиоци дипломе “Вук Караџић”. Успех ученика на крају школске године креће се око 99% од тога је 60% одличних ученика. На пријемним испитима за факултете ученици наше школе су у самом врху ранг-листа, студенти генерације, будући креативни и научни потенцијал који достојно афирмише школу. За свој рад школа је добијала признања од којих су најзначајнија: “Учитељ Таса”, награда Културно просветне заједнице Ниша и Признање Први мај са плакетом.